Я прошлой осенью ездил в Рыбинск поездом 1 раз, как раз купе.
Купейных вагонов точно было минимум 2.
Ещё 1 раз трансфером (миниавтобусом от ярославского вокзала) (5-6ч)
Могу, кстати, телефон для бронирования мест посмотреть на трансфер.
А обратно ездил на электричке из Ярославля до Москвы (4ч), а из Рыбинска до Ярославля на автобусе (1.5ч). Электричка модная и комфортная.